یکی از معایب BPMS، احتمالاً سنگین بودن سرمایه‌گذاری اولیه در پیاده‌سازی ابزارهای نرم افزار BPMS برای بسیاری از مشاغل کوچک است. همچنین طراحی، اجرا و نگهداری یک سیستم مدیریت فرایند می‌تواند بسیار هزینه‌بر باشد و باید هزینه‌های تعمیر و نگهداری زیرساخت‌ها را هم در نظر گرفت.

از دیگر معایب BPMS، پیچیدگی و طراحی دوباره‌ی تمام فرایندهای سازمان است که مستلزم صرف زمان و تلاش بسیاری است. همچنین، ساختار آن به گونه‌ای است که به کارمندان اجازه نمی‌دهد تا به هر طریقی که خودشان مناسب می‌دانند روی راه حل‌ها کار کنند. آنها باید تابع فرایندهای مشخص شده باشد و همین موضوع ممکن است باعث مقاومت کارکنان در استفاده و همسو شدن با BPMS شود.